A gasztrointesztinális szakaszba kerülve a flavonoidok természetesen átalakulnak, metabolitokat hoznak létre, amelyek részt vesznek az anyagcserében. A flavonoidok jótékony hatásai jórészt ezeknek az anyagoknak köszönhetőek.
Felszívódásukat és átalakulásukat jellemzően szerkezetük határozza meg, hatásukat pedig az is befolyásolhatja, hogy milyen egyéb élelmiszerekkel és más anyagokkal együtt kerülnek a szervezetbe, ezek kölcsönhatásai miatt. A flavonoidok a szervezetbe elsősorban a vékonybélből, kisebb mértékben pedig a vastagbélből szívódnak fel, utóbbi esetben azonban nem bizonyított az, hogy kifejtenék előnyös hatásaikat. A felszívódott anyagok a májba kerülnek, metabolizmusuk itt zajlik.
A szervezetben elsősorban antioxidánsként fejtik ki hatásukat, segítenek abban, hogy a szervezet megszabaduljon a mindennapok során felhalmozódott méreganyagoktól. Minél nagyobb mennyiségben jutnak a szervezetbe, ezt a hatásukat annál erőteljesebben fejtik ki. Számottevő még antiallergén és asztmaellenes hatásuk is, valamint segítik a szervezetet, az immunrendszert a vírusok és baktériumok elleni védekezésben. Bizonyos esetekben arra is képesek, hogy egyes enzimek hatását korlátozzák, visszafogják, illetve az izoflavonidok csoportja hatékony az ösztrogénaktivitás fokozásában is.
A hatás teljes kifejtéséhez általában szükség van arra is, hogy bizonyos vitaminokkal együtt vigyük be a szervezetbe a flavonoidokat. Ezek A-, C- és E-vitaminokat jelentenek elsősorban. A legjobb mindig a természetes forrás, így ajánlatos olyan zöldségeket, gyümölcsöket fogyasztanunk elsősorban, amelyek ilyen anyagokban gazdagok. Ez azért is előnyös, mert a zöldségek és gyümölcsök számos más, jótékony hatású anyagot is tartalmaznak, amelyekkel együtt a flavonoidok hatása is erősödhet.